Cuando se empaqueta un Bundle estes es publicado todo en un jar. Para poder leer, por ejemplo ficheros de congfiguracion dentro del jar hay que hacer lo siguiente:
configurationURI = FileLocator.toFileURL(
FileLocator.find(Activator.getBundleContext().getBundle(), new Path(
"./resources/config.properties"), null)).getPath();
A partir de esta ruta ya puedes abrir el fichero con un new File();
Además que no se te olvide marcar en en fichero build.porperties que publicas el fichero, ya que si no, no te lo incluye en el jar
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