Para ordenar de manera aleatoria en mongodb solamente se me ocurre insertar un campo aleatorio.
db.Collection
.find({},{_id:1})
.forEach(function(doc){
db.collection.
update(
{ _id: doc._id},
{ $set: { r: Math.random() } } ,
{ upsert: true }
);
});
después solo tienes que ordenar por r.